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World Community Gridに参加

私の部屋は狭いので、PCを総合家電として活用しています。
しかし、テレビを見ているとき、ネットで調べ物をしているとき、
このブログの記事を更新しているとき(笑)など、
ほとんどの時間このPC(CPU)は遊んでいる状態にあるんですよね( ;´Д`)y─┛~~

そこでこの資源の無駄使いを何とか活かそうと思っていたところ、
分散コンピューティングの存在を思い出しました。

世の中には、世界最速のスーパーコンピュータ(以下スパコン)を用いても
計算に何十年も、下手すれば何万年もかかるような解析が存在します。
それはタンパク質の一次構造からのコンフォメーション予測であったり
X線結晶構造解析で得られた画像の解析であったり
世界最大の素数を探すことであったり
地球外生命体の探索であったり。

例えばタンパク質の件を例に取ると・・・
タンパク質は約20種類(例外有り)のアミノ酸が数珠繋ぎに繋がった高分子です。
各アミノ酸は勿論のこと、出現率や性質が等価ではありません。
側鎖は電荷を持つもの、持たないものに分かれるだけでなく、
側鎖の大きさ(構成原子の数)など様々なパラメータを持ちます。
アラニンの側鎖はCH3と最も単純であるのに対しプロリンなどは環状の構造を持ち
立体構造上で折り曲がりの部分に多く見られ、二次構造のαヘリックスなどには
ほとんど見られないなど部位特異的な特徴を持ちます。
電荷を持つものはpHの影響で負に帯電したり正に帯電したりします。
また特定の配列の多くはαヘリックス、βシートといった二次構造をとることが
知られているものの、同じ配列が違う部位では
これら二次構造を取ったり取らなかったりします。
これはその配列の周りに存在するアミノ酸の側鎖の立体配置と
それによる側鎖同士の静電力、水素結合、疎水力やファンデルワールス力、
他にも硫黄原子を持つ側鎖同士のジスルフィド結合による
立体構造の縛りの影響などが無視できないためで・・
一次構造の配列情報だけでは最終的な立体構造は判断仕切れない部分が実に多いのです。
しかもタンパク質は複数のサブユニット(今までの条件は各ユニット内毎の話)で
構成されることが珍しくなく、各サブユニットが合体する際に
各サブユニット自身に与える影響もあるわけで・・
これだけでも、いかに一つの結果(コンフォメーション)を得るために
設定できるパラメータとシミュレーションパターンが多いかがわかりますよね・・

つまり、実際、計算力はいくらあっても足りないんですね。
かといってスパコンを一組織で所有できたとしても数が知れていますし
何よりコスト的に限られてしまいます。
もちろんそれでもパワーは足りません。

演算力の底上げには現行の半導体微細化手法では限界があり、
非ノイマン型のコンピュータの研究も続けられています。
中でも量子コンピュータの可能性には大きな期待を感じますが
まだ実現は先の話なのでしょう。

現時点で手っ取り早く演算力を稼ぐ方法に分散コンピューティングという手法があります。
乱暴に言えば、個々の演算力は小さくても、
それらを合わせて数で勝負する大型計算システムというものでしょうか。
インターネットの普及により地理的条件を容易に超えた
分散コンピューティングが可能となり、まさに本領を発揮する下地が整ってきたと言えます。
その性能はスパコン並~超もあるとか。

と、前置きがめっちゃ長くなりましたが、
つまり計算力の足りないプロジェクトにボランティアとして自分のPCを参加させることにしました。

World Community Grid(WCG)
IBMが発案して実現したプロジェクトです。

WCGとは
http://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewAboutUs.doより一部抜粋。
ご安心(?)下さい。
World Community Grid ではテクノロジーを、公的な非営利組織のみが人道的研究に利用できるようにしています。公的グリッドがないと、必要なコンピューター・インフラストラクチャーにコストがかかるために、研究を完了できない可能性があります。 福祉を発展させることに関与する私たちの活動の一部として、すべての結果がパブリック・ドメインに置かれ、世界中の研究コミュニティーに公開されます。


今回こことFolding@homeでどちらに参加するか迷ったのですが、
Folding@homeはその演算力の約74%をPS3からの参加者が占めるらしいです。
さすがCellプロセッサとスパコン並みのGPU性能(汗)
PCの演算力ではとても及びません。

まあ、そんなわけでそっちはPS3ユーザーにお任せしておこうかな、とWCGを選んだわけです。
数学や地球外生命体など、知的好奇心を刺激しまくるテーマでも良かったのですが、
個人的な理由で身近に感じるのはバイオテクノロジー関連の発展なのです。

個人でもチームでも参加できます。
複数の友人と一緒にチームを作って参加し、名を馳せるのも有りですね。
ちなみに日本からは「Team 2ch」が最大でなんと約9000人の参加者!Σ( ̄□ ̄ )

もし「私もWCGに参加してみたい!」という方は↓


参加にはユーザー登録後にBOINCというミドルウェアのダウンロードとインストール、
参加するプロジェクトの選択が必要です。
BOINCを利用している分散コンピューティングプロジェクトなら、
並行して参加することも可能です。

BOINCの利用の際にオススメするのは

Tthrottle
http://www.efmer.eu/boinc/

BOINC側をCPU使用率100%に設定し、これでコア温度を管理してやると∑d( ̄― ̄ <gj

WCG以外も参加したい!色々比べて自分で選びたい!という人は↓

分散コンピューティングプロジェクトの紹介
http://www2.117.ne.jp/~mat/dcomp/shoukai.htm

(本当は日本のプロジェクトTANPAKUが良かったのですが、
どうもいろいろあるみたいで・・今は活動を停止しているようです)
最近のCPUはGHz単位が当たり前なほど高性能な時代です。
オフィスワークや家電的な使い方ではsingle coreでも十分で、
使用率100%のフル稼働が続く処理などそうそうないでしょう。
ましてやdual・quad coreとか実装していても
動画のエンコードやゲーム、画像処理など以外で
活用されるシーンがどれだけあるか・・
(そんなことない、アプリの切り替えが遅くてイライラという場合は、
CPUではなくメモリ搭載量やその使い方、ハードディスクの速度が
ボトルネックとなっている方が多いと思います)
しかしJoshinやビックカメラでメーカー製PCを買っても
普通にdual core CPUが搭載されています。

そこで、無駄に電力を食べているのが勿体ないと思って
World Community Gridに参加することにしました。

正直、人の役に立ちたいなんて高尚な考えありきで参加を決意したわけではありません。
あくまで資源を無駄にしていることに対して勿体ないなと思っていたこと、
活用したいけどどうするか・・そこで少しは人の役に立つことに使える方法がある、
と思い出した点が一致しただけです。

何が言いたいかと言えば、「やらない善よりやる偽善」という言葉にあるように
「人助け」と構えず、やるなら「気軽に」始めてみましょうということです(笑)
目的として人助けなのか、結果として人助けなのか。
動機はそれぞれでも、受ける側の結果に違いはありません。
動機など、深く掘り下げれば・・、あまり意味があるとは思えないのです。

しかし、ボランティアなので、もちろん電気代は自腹でお願いします(笑)
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参加中。ランク1万台を脱するのはいつの日か・・
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