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World Community Gridに参加

私の部屋は狭いので、PCを総合家電として活用しています。
しかし、テレビを見ているとき、ネットで調べ物をしているとき、
このブログの記事を更新しているとき(笑)など、
ほとんどの時間このPC(CPU)は遊んでいる状態にあるんですよね( ;´Д`)y─┛~~

そこでこの資源の無駄使いを何とか活かそうと思っていたところ、
分散コンピューティングの存在を思い出しました。

世の中には、世界最速のスーパーコンピュータ(以下スパコン)を用いても
計算に何十年も、下手すれば何万年もかかるような解析が存在します。
それはタンパク質の一次構造からのコンフォメーション予測であったり
X線結晶構造解析で得られた画像の解析であったり
世界最大の素数を探すことであったり
地球外生命体の探索であったり。

例えばタンパク質の件を例に取ると・・・
タンパク質は約20種類(例外有り)のアミノ酸が数珠繋ぎに繋がった高分子です。
各アミノ酸は勿論のこと、出現率や性質が等価ではありません。
側鎖は電荷を持つもの、持たないものに分かれるだけでなく、
側鎖の大きさ(構成原子の数)など様々なパラメータを持ちます。
アラニンの側鎖はCH3と最も単純であるのに対しプロリンなどは環状の構造を持ち
立体構造上で折り曲がりの部分に多く見られ、二次構造のαヘリックスなどには
ほとんど見られないなど部位特異的な特徴を持ちます。
電荷を持つものはpHの影響で負に帯電したり正に帯電したりします。
また特定の配列の多くはαヘリックス、βシートといった二次構造をとることが
知られているものの、同じ配列が違う部位では
これら二次構造を取ったり取らなかったりします。
これはその配列の周りに存在するアミノ酸の側鎖の立体配置と
それによる側鎖同士の静電力、水素結合、疎水力やファンデルワールス力、
他にも硫黄原子を持つ側鎖同士のジスルフィド結合による
立体構造の縛りの影響などが無視できないためで・・
一次構造の配列情報だけでは最終的な立体構造は判断仕切れない部分が実に多いのです。
しかもタンパク質は複数のサブユニット(今までの条件は各ユニット内毎の話)で
構成されることが珍しくなく、各サブユニットが合体する際に
各サブユニット自身に与える影響もあるわけで・・
これだけでも、いかに一つの結果(コンフォメーション)を得るために
設定できるパラメータとシミュレーションパターンが多いかがわかりますよね・・

つまり、実際、計算力はいくらあっても足りないんですね。
かといってスパコンを一組織で所有できたとしても数が知れていますし
何よりコスト的に限られてしまいます。
もちろんそれでもパワーは足りません。

演算力の底上げには現行の半導体微細化手法では限界があり、
非ノイマン型のコンピュータの研究も続けられています。
中でも量子コンピュータの可能性には大きな期待を感じますが
まだ実現は先の話なのでしょう。

現時点で手っ取り早く演算力を稼ぐ方法に分散コンピューティングという手法があります。
乱暴に言えば、個々の演算力は小さくても、
それらを合わせて数で勝負する大型計算システムというものでしょうか。
インターネットの普及により地理的条件を容易に超えた
分散コンピューティングが可能となり、まさに本領を発揮する下地が整ってきたと言えます。
その性能はスパコン並~超もあるとか。

と、前置きがめっちゃ長くなりましたが、
つまり計算力の足りないプロジェクトにボランティアとして自分のPCを参加させることにしました。

World Community Grid(WCG)
IBMが発案して実現したプロジェクトです。

WCGとは
http://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewAboutUs.doより一部抜粋。
ご安心(?)下さい。
World Community Grid ではテクノロジーを、公的な非営利組織のみが人道的研究に利用できるようにしています。公的グリッドがないと、必要なコンピューター・インフラストラクチャーにコストがかかるために、研究を完了できない可能性があります。 福祉を発展させることに関与する私たちの活動の一部として、すべての結果がパブリック・ドメインに置かれ、世界中の研究コミュニティーに公開されます。


今回こことFolding@homeでどちらに参加するか迷ったのですが、
Folding@homeはその演算力の約74%をPS3からの参加者が占めるらしいです。
さすがCellプロセッサとスパコン並みのGPU性能(汗)
PCの演算力ではとても及びません。

まあ、そんなわけでそっちはPS3ユーザーにお任せしておこうかな、とWCGを選んだわけです。
数学や地球外生命体など、知的好奇心を刺激しまくるテーマでも良かったのですが、
個人的な理由で身近に感じるのはバイオテクノロジー関連の発展なのです。

個人でもチームでも参加できます。
複数の友人と一緒にチームを作って参加し、名を馳せるのも有りですね。
ちなみに日本からは「Team 2ch」が最大でなんと約9000人の参加者!Σ( ̄□ ̄ )

もし「私もWCGに参加してみたい!」という方は↓


参加にはユーザー登録後にBOINCというミドルウェアのダウンロードとインストール、
参加するプロジェクトの選択が必要です。
BOINCを利用している分散コンピューティングプロジェクトなら、
並行して参加することも可能です。

BOINCの利用の際にオススメするのは

Tthrottle
http://www.efmer.eu/boinc/

BOINC側をCPU使用率100%に設定し、これでコア温度を管理してやると∑d( ̄― ̄ <gj

WCG以外も参加したい!色々比べて自分で選びたい!という人は↓

分散コンピューティングプロジェクトの紹介
http://www2.117.ne.jp/~mat/dcomp/shoukai.htm

(本当は日本のプロジェクトTANPAKUが良かったのですが、
どうもいろいろあるみたいで・・今は活動を停止しているようです)

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RAMディスクにシステムの一時フォルダを置くと発生するトラブル

RAMディスクで快適化? (3) ~利用編~で書いた「トラブル事例」の
記録を忘れかけていました。

---
OS:Windows Vista Business(x86) SP1

<トラブル>
1.Norton Internet Security 2009(以下NIS2009)を使用中に、
SONAR拡張保護のロードに失敗する

2.Windows Updateで一部の更新プログラムの適用に失敗する

<エラー状況>
1.「SONAR 拡張保護をロードできませんでした。」
 「エラーコード:3039.1」
3039.1のエラー

2.再起動後に表示されるログオン前の更新の構成画面で、
更新の取り消し通知とロールバックが行われる

<今回の解決法>
2つのトラブルはタイトル通り、
一時フォルダをRAMディスク上に置かなければ解決します。

<詳細>
NIS2009のエラーコード3039.1は検索すると悩んでいる方が
沢山おられたようですが、当時に具体的な解決策は見つけられませんでした・・

私もエラー後に表示されるワンクリックサポートに従って
Norton Removal Toolsで製品を完全消去しての再インストールを始め、
各種設定の変更や常駐プログラム、サービスの停止など色々試しましたが、
解決することはできず、最終的にRAMディスク作成前後の
トラブルということから原因に気づくことができました。

このトラブル、システムが起動して5~10分近く経たないと
ワンクリックサポートが起動しないので、何か対策を施した後再起動すると
うまく解決できているかと錯覚してしまいます。

そこで、ログオン直後にNIS2009を開いて拡張保護を手動で無効にしてみて下さい。
次のような画面になれば、SONAR 拡張保護は機能していません。
トラブル2

Windows Updateの更新プログラムは、
再起動後も更新作業を継続するものに失敗が多いと思います。
これはRAMディスク上の一時フォルダに解凍された更新用ファイルが
再起動時に消えてしまうので、
更新の継続が出来なくなるものと考えられます。

その他にも多くのトラブルが生じるものと思われますので、
システムの一時フォルダは変更を避けました。
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友人が結婚

先日昔から仲の良かった友人の結婚式に招待されてきました。

何年も付き合いのある友人でしたが、ここ2~3年ほどは
会っておらず、久しぶりの再会も兼ねました。

もう・・当日の彼とその奥さんとなる方は本当に幸せそうで、
その姿を見ているだけでこちらも沢山幸せな気持ちに
なってしまいました∑d( ̄― ̄ )

「幸せな家庭」というものは私にはあまりわかりませんが、
漠然としたイメージを想像させてもらえるほど、
嬉しい気持ちにさせていただきました。

自分の知っている昔からの彼のイメージと、当日自分の知らない
会社の同僚達に立ち振る舞っていた彼はちょっと別人のようで、
それでいて話をするとやはり私の知っている友人は目の前にいて・・

かつて同じ学校で同じ時を学んだ友人も別々の道を歩んでおり、
再会すれば、その当時のままを感じる懐かしさと、
その当時には知らない新しい部分が増えています。

わかってはいるけれど、やはり、確実に、時の流れは進んでいます・・

あらためて、友人の新たな門出に心からの祝福を!
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参加中。ランク1万台を脱するのはいつの日か・・
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